Dolazak Hrvata na Jadransko more prouzročilo je veće demografske promjene na svim otocima, pa tako i na Kornatima. Romansko stanovništvo je, zbog najezde Hrvata, bilo prinuđeno bježati s kopna i potražiti utočište na otocima.
S obzirom da more nije dugo vremena bilo prepreka Hrvatima, uskoro je došlo do sukoba s tadašnjom Venecijom koja je nastojala dominirati Jadranskim morem. To vrijeme - vrijeme slabljenja Bizanta, jačanja Venecije i dolazak Hrvata na Jadran - bilo je kritično za naseljenost Kornata. Tada su Kornati bili za život prilično nesiguran prostor, pa se pretpostavlja da sve do 13. stoljeća na njima nije bilo stalnog stanovništva.
Srednji vijek
U 13. stoljeću Kornati su ponovno počeli oživljavati. Iz srednjeg vijeka datiraju vrlo zanimljive kulturne građevine u području parka. Najdojmljivija je svakako crkvica Gospe od Tarca, skromna jednobroda sakralna građevina (tip ruralne kasnoromaničke crkve) sagrađena na mjestu starokršćanske bazilike i izgrađena najvjerojatnije od ostataka te starije crkve. Vrijeme gradnje Gospe od Tarca nije sasvim jasno, pa tako postoje pretpostavke da se radi o 12./13. stoljeću, 14., odnosno 15./16. stoljeću. U ovoj crkvici i danas se održavaju mise (svake prve nedjelje u srpnju) čije je značenje preraslo isključivo religiozne okvire i postalo dio turističke atrakcije ovog prostora. Iz srednjeg vijeka datiraju i ostaci skladišta za sol i potopljeni ostaci solane u uvali Lavsa (vjerojatno druga polovica 14. stoljeća).
Naselje Piškera